2021/02/07 00:45

코로나 2019 ] 앞에서 나왔던 사항들 재확인 Views by Engineer

  지난 포스팅들.

12. 코로나 2019 ] 현재의 논점 및 몇 가지
7. 코로나 2019 ] 검체 분석 방법과 고려 사항 
6. 코로나 2019 ] 전염병 병원체의 진화
5. 코로나 2019 ] 병원의 시스템
4. 코로나 2019 ] 검사 용량
3. 코로나 2019 ] 중국인 입국 금지 정책에 대해 II
2. 코로나 2019 ] 중국인 입국 금지 정책에 대해
1. 민감도(sensitivity)와 특이도(specificity), 위양성(false positive)과 위음성(false negative)

  ======================

  Appreciation ; twitter 'Nobody_indepth'님.  
  세부 사항을 지적해 주셔서 정말 감사드립니다.

  그러고 보니 마지막 글이 벌써 2020년 9월 15일이었다.  그 동안 많은 일이 있었다.
  백신을 여기서 다룰 기회가 있을지는 모르겠는데, 앞에 논했던 주제들을 살짝 보완해 보자.

  1. 우선 2,3편에서 언급했던 중국 입국 금지 조치의 의미를 사후 점검해 보자.

   나는 당시 한국 상황에서 중국 입국 조치를 시간에 맞게 내리기는 사실상 매우 어려웠다고 주장했다.  이 때의 일이 지금 한국의 코로나19 유행에 어떻게 영향을 미치는지는 정확히 판단하기는 사실 어렵다.  
  한 가지 힌트가 있긴 하다.  바이러스는 돌연변이 속도가 빠르기 때문에[1] 계보(phylogeny)를 알 수 있다.  코로나19 바이러스는 염기가 대략 3만 개인데, 처음 나타난 종류에서 어느 곳의 염기가 어떻게 변했는지를 비교해 갈라져 나온 계보를 추적하는 방식이다.  가령 어느 부분의 염기가 A(adenine)이다가 U(uracil)로 바뀌면, 바뀐 변이에서 다시 갈라져 나오는 변이들은 짧은 시간 내에는 모두 그 부분에 U를 간직할 것이다[2].

  * link; 데이터는 알고 있다, 바이러스가 어디서 왔는지(동아사이언스)

  링크 기사에서 언급했듯이, 이 방식은 특정 계열이 어디서 많이 퍼졌는지와 어디서 처음 변이가 생겼는지도 대략 알 수 있다.  
  이 방법을 한국에 적용하면 어떤 결과를 주는가?  다행히도 전세계의 바이러스 서열을 보여 주는 site가 있다.  

  
  여기서 한국 data만 고르면 아래 결과를 준다(찍으면 확대).


  X축 방향으로 시간이 가면서 나타난 변이들이 가지를 치면서 진행하는 양상을 잘 보여 준다.  지금 나타난 주요 계열은 6개가 있다.  
  여기서 가장 처음에 나타난 계열(왼편 아래; 노랑과 주황색)이 중국에서 제일 먼저 나타난 것도 이상하지 않다.  실제 filter를 중국(china)으로 해 보면 초기 결과들이 점선으로 표시해 놓은 곳에 집중됐다.  위 그림에서는 한국 결과만 보여 주는데, 2~3월의 결과는 실제 신천지로 인한 집단 발병으로, 최초 유입처가 중국이었다는 추측과 일치한다.
  그러면 그 이후는 어떤가?  4월 되기 조금 전 위쪽에 하늘색 점이 하나 뜨고, 최근까지 푸른색밖에 보이지 않는다.  이전의 중국 계열이 완전히 없어진 것이다[3].  즉 포스팅 11편의 클럽발 집단 감염 이후는 현재 GH와 GR 계열만이 한국에서 살아남았고, 이들은 유럽 기원으로 알려져 있다[4].  이를 그림으로 그리면(찍으면 확대)

  이 결과를 요약하자면

   ⓐ 처음에 신천지로 대유행한 중국 계열은 5월 이후 국내에서 발견되지 않는다.
   ⓑ 4월 중순 이후에 시작했다고 간주되는 이태원 클럽발 확진자는 유럽(혹은 미국)에서 들어온 변이 
      바이러스 G 계열(GH, GR)이 원인이다.
   ⓒ 8월부터 좀 이어진 광화문 및 모 교회발 유행 시기는 주로 GH 계열이다.
   ⓓ 11월 이후의 3차 대유행은 한 번 사라졌던 GR 계열이 원인이고 최근엔 이것이 대다수다.
       (ps.2의 수정 참고.  GH가 우점 계열입니다)
       이 계열은 12월 이후 유럽과 아시아에서 매우 많이 발견되고, 미국엔 별로 없다.

  결론은 간단하다.  

   ① 신천지 때의 중국 유입이 있었건 없었건, 5월 이후엔 별 상관이 없다.
   ② 전염력이 더 높은 유럽 기원 바이러스가 이태원 클럽발 유행 이후를 주도했다.

  신천지를 잘 막았건 못 막았건, 결과적으로 지금의 유행과는 별 상관이 없어진 셈이다[5].  따라서 그 때의 일을 지금과 연결시키는 주장들은 바이러스 계보 데이터로는 별로 지지받지 못함을 유의하자.
  현재 상황을 부른 진정한 분기점은 신천지 건이 일단 잡인 이후인 '조용하던' 4월 중순에 일어났다고 추론해야 하며, 그 여파가 지금까지 미치고 있다.[6]

  ps. 최근의 GR 계열은 좀 분석 논문이 많지 않은 편이라 좀 더 지켜보아야 한다.
  ps. 2. 다소 잘못된 부분이 있는 원글이라도 그대로 보존하는 의미에서, 질병관리청 리포트 링크(link)를 제시. 
       1월 현재 한국의 strain은 GH가 우점한다고 함.
       위 ps에서 최근의 GR 계열은 지켜봐야 한다고 disclaimer 달기를 정말 잘 했음 ㅋㅋㅋ

   2. 무증상 감염의 비율은 항상 논란거리였다.

  이것이 가능하다는 사실은 초창기 중국의 논문에서 이미 확인되었다[7].  정확한 자료를 얻기가 현재는 매우 어려운데, 이미 지역 사회에 널리 퍼졌기 때문에 감염 경로를 특정하기가 곤란하기 때문이다.  따라서 초기 중국 아니면 한국의 자료를 많이 사용할 수밖에 없다.
  JAMA에 8월 초 발표된 한국의 데이터(https://jamanetwork.com/journals/jamainternalmedicine/fullarticle/2769235)는 대략의 범주를 준다.  전문을 볼 수 있다.

  * 대상; 3월 6~26일 격리된 303명의 확진자. 
  * 분류; 193명은 격리 때 이미 증상 있었음.  110명이 처음에 증상이 없었으나 그 중 21명(19.1%)은
        격리 중 증상이 나타났음.  즉 끝까지 증상이 없었던 사람이 89명(303명 중 29.4%)이나 됨
  * point ; 증상 없던 사람들도 증상이 나타난 사람들과 RT-PCR 검사 바이러스 검출 농도(Ct 값; 7편 참고)
        가 큰 차이가 없었음


  이러니 한 번 번지면 lockdown이라도 장시간 하기 전에 진압이 쉬울 리가 있겠는가.

  주의할 점은 이 실험 대상이 처음 중국에서 온 바이러스 strain에 감염됐을 신천지 관계 감염자들이 대상이었다는 것이다.  이 strain보다 현재의 유럽 기원 G 계열이 전염력이 더 높다고 간주된다.
  (NB; G계열이 중국 계열보다 전염력이 높다고 완전히 인정되지는 않았다고 함)

  다른 나라의 결과는 어떤가?  4월에 아이슬란드에서 일반 자원자를 대상으로 전 국민의 5%를 검사하자 감염자의 50%는 무증상이었다는 보고가 있다(link).  정말 방역이 힘든 넘이다...

  3. 현재 한국에 감염력 있는 환자는 몇 명 정도 있을까? 

  물론 이미 확진받아 격리에 들어간 사람은 더 이상 전염을 시키지 못한다.  현재 하루 확진자는 대략 300~500명대에 들어온다.  그러면 한국 인구가 5200만 정도니 대략 10만 명 중 하나일까?
  지금처럼 많이 늘기 전에는

  * 3055명 대상 항체검사; 1명만 양성(7월)
  * 서울시 6~10월 10541명 검사; 4명 확진(link)

  최근은

  * 포항 가구당 최소 1명씩 19만명 검사; 38명 확진 (1만 중 대략 2명, 0.02%; link)
  * 노숙인/쪽방촌 등 7600명 검사; 98명 확진 (대략 1% 이상; link)
  * 임시 선별검사소 1개월 운영 결과(12월 15일부터 약 1개월; link)  ; 111만 5천명 중 3301명(0.3%)

  최소 0.02에서 ~0.4% 정도 가능하다고 봐야 할 듯하다.  5000만명 기준 최소 1만, 상한은 20만명이다.
  10월 이전에는 추정이 힘들 정도로 확진 절대수가 적다가 최근의 3천명 정도면 통계적으로도 상당히 안정적이라 볼 수 있다.  1만 명이 통제 없이 한 주만 활동해도 신규 환자 1만이 생기고도 남을 듯. (sigh)

  4. 7편에서 RT-PCR의 개념과 Ct 값에 대해 설명했다.  실제 data는 어떻게 보일까?
     분석기기 회사인 Thermofischer에서 article을 하나 냈다(link).  장비에서 Ct 수를 얻는 방법을 잘 보여 준다.


   증폭 대상을 '보이게' 하는 것은 증폭된 물질에 붙는 형광(fluorescence) 물질이다.  X축이 Ct인데, 증폭 cycle을 반복할수록 당연히 target 물질이 늘어나서 형광이 증가할 것이다.  원래 시료에 target이 많았다면 증폭 cycle을 덜 해도 형광이 잘 보일 것이므로, 위 화살표처럼 Ct가 작을수록 시료에 target의 농도가 많은 것이다.

  7편에서 말했듯이 한국에서는 현재 양성의 기준이 Ct=35 이하이다.

  漁夫

[1] 더군다나 코로나19같은 RNA virus는 DNA 바이러스보다 더 빠르다고 안다.
[2] 같은 방식이 언어의 분화나 중세 책 사본의 계열을 알아내는 데도 쓰인다. 
[3] 지금 원래의 중국 계열이 완전히 없어지진 않았다.  어디서 검출되냐고?  주로 중부 아프리카, 최근은 특히 르완다다.  지중해 연안과 남아공 주변에서는 별로 안 나온다.  중국과 아프리카의 관련을 생각하면 놀랄 것도 없다.
[4] 최초로 기록된 것은 2월 28일에 GR이 오스트리아, G가 덴마크, GH가 다음 날 벨기에다.  
[5] 신천지 유행 때문에 경각심이 매우 커져서 두 번째 유행의 시점을 늦추고 크기를 줄였을 가능성은 있다.  그러나 신천지 건이 최근 유행의 '(직접) 원인'이라 볼 수는 없지 않겠는가.
[6] 최근에 가장 빈도가 높은 GR 계열이 10~11월 경 아시아나 유럽에서 재유입되었을까?  불가능하지는 않다.  본문에서 설명하지만 무증상 빈도도 높으며, 2주 자가격리도 안전을 100% 보장하지는 못하기 때문이다.
[7] 증상이 없던 한 명이 가족 4명을 감염시켰다.

핑백

덧글

  • 피그말리온 2021/02/07 01:06 # 답글

    골라서 막겠다는 생각이 어긋난 셈이네요. 마스크 아무리 쓰고 다녀도 결국 터지는걸 늦췄을 뿐이고...
  • 漁夫 2021/02/08 20:35 #

    이 바이러스는 현대 과학으로도 매우 막기 어려운 특성이 있죠.
    단, '늦춘다'가 한국처럼 추적이 잘 되는 국가에서는 생각보다 매우 중요합니다. 지금은 역학 조사 쪽이 거의 터지기 직전인데, 조금이라도 늦추지 못하면 과다부하거든요. 실제 저번 구치소 확진 때 한꺼번에 너무 많이 쏟아져나와 부하가 걸리는 것을 실시간으로 볼 수 있었습니다.
  • 이글 2021/02/07 22:38 # 답글

    4월 1일부터 해외입국자 의무적으로 자가격리 시작했는데 어차피 할 꺼 빨리했더라면 대유행은 신천지에서 끝났겠죠
  • 漁夫 2021/02/08 21:37 #

    이글루스 리플이 그림을 첨부 못하기는 하는데, 승무원까지 포함한 입국자 통계 자료를 보면(https://kto.visitkorea.or.kr/kor/notice/data/statis/profit/notice/inout/popup.kto)

    2020.1; 127만
    2월; 68만 5천
    3월; 8만 4천
    4월; 2만 9천

    2월 20일 73명을 시작으로 한국이 본격적으로 코로나 선도국(?)으로 뛰어오르면서 3월부터 입국자가 급격히 감소하죠. 이 덕에 이 인원들을 다 수용할 수 있었지, 2월 수준만 돼도 14일 동안 이들을 다 수용할 방이 없었을 겁니다. 2월 기준으로만 봐도 2주면 34만 정도 되는데, 인천공항 근처에 이들을 다 수용할 수 있었을까요? 처음에 공간을 잡느라 기업 연수원 등을 빌리는 수를 써야 했죠.
    본문에서 말하진 않았습니다만, 또 다른 변수는 주한 미군입니다. 이태원에서 퍼져나간 G 계열의 발원점이 거기라고 추측하는 사람들도 꽤 많습니다.

    참고로 작년 12월의 입국자 수는 6만 2천이 좀 넘습니다. 이 정도라 지금까지 그럭저럭 격리가 되죠.
  • 채널 2nd™ 2021/02/21 19:46 # 답글

    난데없이 대만이 불쌍해~ << 지금 대만은 어쨌거나 선방하고 있는 것 같은데... 흠.

    (신천지 따위로 그렇게 호들갑을 떨지 않았었어도 되었을 것이라는 그 "사실"을 미리 알았다면 ㅎㅎ -- 사후 약방문? -- 문제인이라든가 질병청장, 보복부 장관 따위 굳이 욕하지 않았었어도 되었을텐데.... 이래서 사람들은 "굳이" 역사로부터 배우는 모양입니다.)

  • 漁夫 2021/02/22 22:21 #

    신천지발 집단 감염 때문에 죽은 분도 상당하죠. 하지만 그 이후에 퍼진 유럽발 바이러스가 전체적으로는 영향이 훨씬 큽니다.
  • Fedaykin 2021/03/16 11:08 # 답글

    말씀하신 gisaid 사이트에 들어가서 변이 추이를 보려고 하니까 dataset에서 asia로 하고 south korea를 필터한것과
    golbal로 하고 south korea를 필터한것이 결과가 다른데다 두 결과 모두 본문의 Frequencies 항목하고는 다른 경향을 보이는데 이게 어디서 차이가 난것일까요? 둘다 현재 G계열이 우점한것은 맞는데 GH계열이 대부분이고 GR은 거의 없고, 21년 1월 이후로는 GRY 계열이 상당히 올라온것으로 나오네요. 포스팅 작성 시점차이일까요 아니면 제가 데이터를 잘못 필터링 한걸까요 흐음.
  • 漁夫 2021/03/16 13:31 #

    저것보다는 질관청 발표를 우선해야 한다고 하더군요. 발표에 시차가 상당히 있어서요.
    한국에서는 저기 올라갈려면 청장니뮤(...)까지 결재가 올라간다고 들은 게 이 포스팅 쓰던 시점입니다. 지금은 완화됐다고 하지만요.
댓글 입력 영역
* 비로그인 덧글의 IP 전체보기를 설정한 이글루입니다.


내부 포스팅 검색(by Google)

Loading

이 이글루를 링크한 사람 (화이트)

833

통계 위젯 (화이트)

8103
369
1289380